Foi o escritor José Moreira Castelo Branco quem procurou solucionar, de maneira definitiva, o problema da fundação de Natal. Com base numa exaustiva pesquisa, publicou um estudo intitulado "Quem Fundou Natal", onde provou que João Rodrigues Colaço foi de fato o primeiro capitão-mor do Rio Grande. Apresentou dois documentos, encontrados por Serafim Leite. Um deles é uma carta do provincial Pero Rodrigues, que registrava o trabalho de catequese realizado no Rio Grande pelos padres Francisco Pinto e Gaspar de Samperes, e diz ainda que "a tudo isso se achava presente o capitão da fortaleza, João Rodrigues Colaço".
Em seguida, Castelo Branco faz o seguinte comentário: "isto ocorria em março ou abril de 1599, porque a 19 deste último mês, já os ditos padres, a fim de satisfazerem uma exigência do príncipe Pau Seco, para melhor garantia e tornar a pacificação mais firme, partiam do forte do Rio Grande, em vista às aldeias dos potiguares, até chegar às de Capaoba, donde seguiram com destino à Paraíba".
O segundo documento, atribuído a Gaspar de Samperes, afirma o seguinte: "João Rodrigues Colaço, o primeiro capitão que foi daquela capitania".
Castelo Branco, apresentando essas provas, constatou ter sido Rodrigues Colaço o primeiro capitão-mor do Rio Grande e, ainda, através do documento em que dom Manuel Mascarenhas Homem deu sesmaria a João Rodrigues Colaço, se comprova que esse senhor governava a capitania em janeiro de 1600. Após examinar tudo isso, Castelo Branco conclui dizendo que "o primeiro capitão-mor do Rio Grande foi João Rodrigues Colaço, que governava no ano de 1599, devendo, por isso, ter sido o fundador da Cidade do Natal".
Como Castelo Branco não se posicionou de maneira categórica, usando, inclusive, a expressão "devendo, por isso, ter sido o fundador", não fechava a questão, deixando o problema em aberto. É que o autor não dispunha de nenhum documento oficial que confirmasse a sua teoria.
A importância do estudo de Castelo Branco, contudo, é muito grande. Elaborou uma tese, hoje vitoriosa. Abriu novas perspectivas, trazendo uma contribuição significativa e despertando a curiosidade de outros historiadores. A sua teoria, portanto, ficou no terreno das possibilidades, ou seja, uma abordagem perfeitamente válida.
Permitiu, por outro lado, que a versão que defendia sem dom Manuel Mascarenhas Homem o fundador da Cidade do Natal ganhasse novos adeptos: Hélio Galvão e Luís da Câmara Cascudo.
Tarcísio Medeiros divulgou, pela primeira vez, em fevereiro de 1973, o Alvará de Nomeação de João Rodrigues Colaço, em seu livro "Aspectos Geopolíticos e Antorpológicos da História do Rio Grande do Norte". Através desse alvará se constata o seguinte:
1 - João Rodrigues Colaço foi nomeado capitão da Fortaleza, pelo governador geral do Brasil, dom Francisco de Souza, confirmado, posteriormente, pela metrópole.
2 - Não houve, portanto, interrupção, desde a data de nomeação, pelo governador geral do Brasil, dom Francisco de Souza, até a designação real, através do alvará de 18 de janeiro de 1600.
Esse alvará era, justamente, o documento oficial que Castelo Branco reclamava e que, infelizmente, não chegou a conhecer.
O historiador Olavo de Medeiros Filho, em seu livro "Terra Natalense", afirmou o seguinte: "Quando à transmissão do comando da fortaleza a Jerônimo de Albuquerque, referida por frei Vicente, não há respaldo documental. Conforme se verifica, através da leitura da Relação de Ambrósio de Siqueira, de 24 de junho de 1598 até 5 de julho de 1603, houve a presença de um capitão-mor da fortaleza e da Capitania do Rio Grande, de João Rodrigues Colaço, o qual foi provido pelo governador geral do Brasil, dom Francisco de Souza".
Essa informação é importante porque deixa claro que João Rodrigues Colaço recebeu o comando da fortaleza após a sua conclusão e não posteriormente, como se dizia no passado.
Jerônimo de Albuquerque, portanto, não foi designado capitão da fortaleza por Mascarenhas Homem no dia 24 de junho de 1598.
É possível também concluir que João Rodrigues Colaço foi, inicialmente, designado para responder pelo comando da fortaleza, por Mascarenhas Homem, e somente depois foi nomeado capitão-mor da Capitania do Rio Grande, pelo governador geral do Brasil, e, finalmente, confirmado nessa função, pelo governo metropolitano.
Examinando os documentos encontrados pelo padre Serafim Leite e publicados no livro "História da Companhia de Jesus no Brasil"; a "Carta de Doacão de Sesmarias a João Rodrigues Colaço", publicada pela revista do Instituto Histórico e Geográfico no Rio Grande do Norte; a "Relação de Ambrósio de Siqueira", transcrita em parte - um pequeno trecho - por Olavo de Medeiros Filho, em "Terra Natalenses"; o Alvará de Nomeação de João Rodrigues Colaço, divulgado por Tarcísio Medeiros em "Aspectos Geopolíticos e Antropológicos da História do Rio Grande do Norte" e, ainda, "Quem Fundou Natal", de Castelo Branco, fica claro o seguinte" João Rodrigues Colaço foi nomeado capitão da fortaleza por dom Francisco de Souza, sendo o primeiro a exercer tal função no Rio Grande, e como continuava governando a capitania, em janeiro de 1600, foi ele, JOÃO RODRIGUES COLAÇO QUEM FUNDOU A CIDADE DO NATAL, NO DIA 25 DE DEZEMBRO DE 1599.
